嘉義縣政府聯合稽查小組20日上午前往大林畜牧場，針對里民的疑慮實地了解廠方污水處理、排放、水質、設施設備是否與容許使用相符等，水利處和環保局分別發現廠內有疑似非法設置的地下水井，要求業者半個月內封填，環保局也在廠外溝渠發現不明濁水，立即採樣檢測，並將設置水質監測器。副縣長劉培東強調縣府依法行政立場，業者如違反相關規定，將依法處置與裁罰，請鄉親放心。
大林畜牧場被里民踢爆偷排廢水污染灌溉埤塘，影響下游100多甲農田，縣府1月間接獲陳情後，除了水利處依法裁罰業者違法搭排、裁罰15萬元並封填排水口，以及環保局先後7次稽查後，縣長翁章梁指示縣府農業處、水利處和環保局組成聯合稽查小組，20日由劉培東帶隊再度前往了解，縣議員吳思蓉和上林里長陳煦湘也都到場關心。
經過一個上午的查訪，水利處在廠區東南方發現一口地下水井，因該區屬地下水管制區，劉培東要求廠方在水利處全程錄影下，半個月內封填水井。
    環保局也在現場採集廠外溝渠排水，現場檢測酸鹼值8.0,導電度350µs/cm，與正常水質比對，並無偏高情形。場區內溝渠殘留有部分零星雞毛及蛋殼，採樣未過濾前洗蛋廢水檢測，酸鹼值7.46，導電度1,770µs/cm，後續將檢驗生化需氧量、化學需氧量及懸浮固體。

惟小組離去前廠外溝渠由廠內排出不明濁水，業者表示是水塔逆沖洗的洗滌水，環保局立即錄影採樣，並與溝渠上游水比對，經現場檢測,酸鹼值7.45，導電度260µs/cm，符合水質標準,後續將檢驗相關數據，再依檢測結果判定是否裁罰。
環保局也將針對該廠洗蛋作業委外清運的廢水，要求業者補齊清運證明，務必做到「零排放」，以符經營計畫規定。另外，為消除地方疑慮，環保局建議業者設置洗選水處理設備，並依規定辦理經營計畫變更。
針對里民質疑畜牧場養雞頭數多達12萬隻，非經營計畫的9萬8000隻，現場由大林鎮公所入場清點，清點結果為9萬5000隻，符合規定。
設施設備與核准容許使用部分，農業處現場比對結果與配置圖相符;至於經營計畫「切結使用自來水」部分，農業處請業者提供購水證明，後續將持續追蹤業者是否依規定經營。