依據水污染防治措施及檢測申報管理辦法第46條之1，飼養豬隻或牛隻之畜牧業，應採行下列畜牧糞尿資源化處理措施之一：
1. 經農業主管機關依農業事業廢棄物再利用管理辦法規定，核准畜牧糞尿水施灌農作個案再利用。
2. 經農業主管機關依本辦法規定，核准沼液、沼渣作為農地肥分使用。
3. 經直轄市、縣(市)主管機關核准輸(運)送符合放流水標準之廢(污)水，作為植物澆灌。

1. 可洽各縣市地方環保局或農業局(處)。
2. 參加環保局或農業局(處)辦理之宣導說明會。
3. 至環境部全國畜牧糞尿資源化網站(https://epafarm.moenv.gov.tw/Default.aspx)或農業部畜牧污染防治資訊系統(https://tagis.moa.gov.tw/Public/News.aspx)查詢相關資訊。

資源化申請流程詳見全國畜牧糞尿資源化網站(https://epafarm.moenv.gov.tw/Infor_AP2.aspx)，申請條件及檢附資料如下:
1.沼液沼渣作為農地肥分使用，應符合下列規定：
(1) 畜牧糞尿經過厭氧發酵設施發酵，產生沼氣應能妥善收集。
(2) 厭氧發酵天數，非草食性動物之畜牧業十天以上;草食性動物之畜牧業五天以上。
(3) 需有施灌農地(自有及租用皆可)。
需檢附資料如下(洽當地環保局協助)：
(1) 牧場登記證。
(2) 農地第一類土地謄本。
(3) 共同執行沼液沼渣農地肥分使用計畫之同意書。
(4) 沼液沼渣檢測報告。
(5) 施灌農地上下游地下水檢驗報告。
(6) 施灌農地土壤檢測報告。
(7) 沼液沼渣運送方式及路線。
2.放流水作為植物澆灌，應符合下列規定：
(1) 廢(污)水(前)處理設施具有足夠之功能及設備，使畜牧放流水能確實處理至符合放流水標準。
(2) 回收使用澆灌植物之行為登載於水污染防治許可證(文件)。
(3) 需裝設累計型流量計。
(4) 需有澆灌農地。
需檢附資料如下(向當地環保局提出申請)：
(1) 依澆灌植物所需養分提出澆灌之水量及面積。
(2) 地籍謄本(第二類)
(3) 合作澆灌同意書
3.個案再利用，應符合下列規定：
(1) 需有施灌農地(自有及租用皆可)。
(2) 清運方式需為車輛運載。
需檢附資料如下(洽當地農業局[處]等相關單位協助)：
(1) 牧場登記證。
(2) 水污染防治許可證(文件)。
(3) 再利用機構代表人身分證或登記證影本。
(4) 運載車輛車籍資料(行照)。
(5) 農業事業廢棄物再利用契約書。
(6) 農地第一類土地謄本。
(7) 土地使用暨地下水、土壤採樣聲明書。
(8) 農業事業廢棄物再利用同意書及授權書。
(9) 事業廢棄物特性與成分分析檢測報告。
(10) 地下水上、下游品質檢測資料。
(11) 施灌農地土壤檢測報告。

1. 獎勵畜牧糞尿資源化利用推動期間，申請沼液沼渣作為農地肥分使用可洽各縣市地方環保局免費協助，內容包含協助農地媒合、申請書撰寫、土壤地下水監測及送審等，。
2. 符合放流水標準之放流水回收作為植物澆灌向各縣市地方環保局申請
3. 個案再利用申請可洽各縣市地方農業局(處)協助。

依據106年12月27日修正發布水污染防治措施及檢測申報管理辦法第46條之1，明定畜牧糞尿資源化處理比率與期程規定如下：
1. 於本辦法106年12月27日修正施行後始取得畜牧場登記證者，應達總廢水產生量之百分之十。
2. 於本辦法106年12月27日修正施行前已取得畜牧場登記證，且已採行排放畜牧廢水於地面水體者：
(1) 飼養豬隻二千頭以上或牛隻五百頭以上之畜牧業，其畜牧糞尿資源化處理比率，自106年12月27日起五年內應達總廢水產生量百分之五、十年內應達總廢水產生量百分之十。
(2) 飼養豬隻二十頭以上未滿二千頭或牛隻四十頭以上未滿五百頭之畜牧業，其畜牧糞尿資源化處理比率，自106年12月27日起八年內應達總廢水產生量百分之五、十二年內應達總廢水產生量百分之十。

如未依水污染防治措施及檢測申報管理辦法第46條之1規定之年限辦理畜牧糞尿資源化，將依水污染防治法第46條規定處新臺幣1萬元以上600萬元以下罰鍰。

養豬頭數未達200頭畜牧場依規定納入廢水管理計畫一併申請沼液沼渣施灌，鑑於後續管制法規與養豬頭數200頭以上畜牧場申請沼液沼渣肥分計畫不同，罰則亦不相同，故建議養豬頭數未達200頭畜牧場仍採廢水管理計畫一併申請沼液沼渣肥分使用為宜。

新設畜牧場申請沼液沼渣肥分計畫，因其尚未有畜牧廢水產生，沼液沼渣數據取得可參考環署水字第1080027648號函說明，新設畜牧業者之沼液、沼渣檢測報告，得以前一年全國通過審查之平均值(洽請當地環保局提供)，或以飼養類型、規模相當者之通過審查資料作為審查依據。

依水污染防治措施及檢測申報管理辦法第70-5條第1項第3款規定，若沼液沼渣肥分使用計畫變更係新增施灌農地位於原核准施灌農地周界3公里範圍內，則不需重新申請(無須重新檢測)，檢具修正後計畫書申請變更即可。

依水污染防治措施及檢測申報管理辦法第 70-1條第1項第1款規定，沼液沼渣作為農地肥分使用計畫應符合畜牧糞尿排入厭氧發酵設施，應能妥善收集沼氣，並視沼氣產出量多寡配置沼氣發電機或沼氣利用設施(鍋爐、沼氣燈)，以充分利用沼氣，如無相關沼氣利用設備時，至少採沼氣燃燒方式，減少溫室效應。

鑑於處理至符合放流水標準之畜牧廢水，本得排放於地面水體，現作為植物澆灌，依規定尚無限制施灌數量或面積，故由地方環保機關因地制宜審酌辦理。

1. 針對鄰近無農地可媒合之畜牧場，目前政府提供沼液運載車輛及施灌車輛補助，建議畜牧業可進行申請，提升施灌彈性，或透過縣市環保局協調台糖(農地、造林地等)、農業部(造林地)或其他國有地提供進行施灌。環境部亦有建置全國畜牧糞尿資源化網站供農牧媒合，可強化供給及需求雙方資訊連結。
2. 建議配合農業部政策推動改為節水型畜舍，以減少廢水產生量，有助於規劃後續資源化利用最適合方式。
3. 本部目前正評估增列資源化利用可行項目之可行性，如植種污泥、水蚤養殖等，俟完成修法程序後公布施行。

1. 農業部針對廢水處理設施及紅泥沼氣袋皆有編列相關補助經費，可逕洽地方農業局(處)申請。
2. 畜牧場因設置年份較久，厭氧設施功能較為不足，且畜舍無空間可擴建等因素，建議畜牧場應投入相關經費，採行新式畜殖技術如高床式飼養，減少廢水量，相關補助亦可逕洽地方農業局(處)。

環境部推動「永續水質推動計畫-氨氮削減示範計畫」，補助地方政府購置沼液沼渣集運車輛、施灌車輛或機具、農地貯存槽，補助對象包含畜牧業及產業團體，補助經費為申請或購置經費之49%，並依槽車容量訂定補助上限，由中央政府與地方政府依後者財力等級訂定分攤比率，該補助計畫將至112年12月31日止，詳情可至環境部水質保護網(https://water.moenv.gov.tw/Public/Download/hus_resources/行政院環境保護署補助地方政府推動畜牧糞尿收集處理回收氨氮示範計畫.pdf)查詢。

畜牧場沼液沼渣管線水錶阻塞，可依據馬達馬力及抽水時間換算流量進行記錄。

108年3月8日修正申報管理辦法，小型畜牧場(200頭飼豬以下) 可將沼液沼渣農地肥分使用資料，納入廢(污)水管理計畫申請，免再申請沼液沼渣農地肥分使用計畫，免提供及檢測沼液、沼渣品質及施灌農地區域地下水水質、土壤品質之背景值及監測值，但環保機關可於定期執行區域監測計畫，加強監控。

1. 應依據肥分使用計畫書核准施灌量進行施灌，勿超量施灌。
2. 鑒於傳統厭氧消化槽(紅泥沼氣袋)排泥不易，致沼渣易含較高濃度銅、鋅，為避免土壤中銅或鋅濃度迅速增加，建議以沼液施灌農地為原則;沼渣部分則以提高排泥頻率，避免累積較高銅或鋅濃度，並將沼渣作為堆肥基材，以利去化。

1. 畜牧場應依據水污染防治措施及檢測申報管理辦法第70條之2規定及肥分計畫核定內容定期進行土壤地下水監測，並由環保、農業機關追蹤及評估，如有超標情形應停灌，妥善進行管制，降低農戶施用上之風險。
2. 沼液沼渣經過厭氧發酵，異味及致病菌皆大幅下降。

1. 依據水污染防治措施及檢測申報管理辦法第70條之2第1項第9款規定，沼液沼渣農地肥分使用者應承諾監測地下水水質及土壤品質。同條第3項規定，沼液沼渣農地肥分使用者應於地下水水質及土壤品質檢測報告完成後一個月內，送農業主管機關及當地環保主管機關備查，並保存五年。另依同辦法第70條之6規定，沼液沼渣作為農地肥分使用期間，地下水水質監測結果各項污染物指標有明顯上升趨勢或土壤品質檢測結果達土壤污染監測標準之限值，應暫停施灌。
2. 實務上，為收預警之效，畜牧糞尿沼液沼渣肥分使用施灌農地之土壤銅鋅濃度停灌標準，以食用作物農地土壤污染監測標準值(銅120mg/kg、鋅260mg/kg)之85%為上限。施灌農地之地下水以監測井氨氮檢測結果達第二類地下水污染監測標準為停灌標準限值(即為0.25 mg/L)為原則;惟如監測井氨氮背景值已超過地下水污染監測標準，則其停灌標準得為背景值之2倍。
3. 一旦沼液沼渣農地肥分使用期間，土壤或地下水監測結果超過前項所述限值，應暫停施灌，並進行複測，若複測結果未達停灌標準者，則通知農民恢復施灌，若達停灌標準，則將相關監測結果及施灌紀錄等資料，送農業主管機關審查後，再依審查結果辦理。

1. 畜牧場應依核准肥分使用計畫中施灌紀錄表格式，依實際施灌情形登載施灌日期、農地地號及施灌量，施灌量可於沼液出口裝設流量計計量或以載運容量估算等，每日進行紀錄，確實掌握施用地點及施灌量。
2. 目前施灌紀錄係由畜牧場自行留存，以備地方主管機關查核，現階段由地方政府環保局定期派員蒐集彙整統計;環境部刻正開發建置畜牧糞尿資源利用管理系統中，完成後可提供畜牧場直接於系統中紀錄施灌資訊，以利農業或環保主管機關查察彙整。

1. 依據水污染防治法第40條第2項規定，畜牧業違反放流水標準或是未妥善處理廢水處理設施所產生之污泥者，處新臺幣6,000元以上60萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰;情節重大者，得令其停工或停業;必要時，並得廢止其水污染防治許可證(文件)或勒令歇業。
2. 依據水污染防治法第46條之1規定，繞流排放廢(污)水違反第18條之1第1項、第2項或第4項規定者，處新臺幣6萬元以上2,000萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰;情節重大者，得令其停工或停業;必要時，並得廢止其水污染防治許可證(文件)或勒令歇業。

1. 依據水污染防治法第45條第1項規定，畜牧業未取得排放許可證或簡易排放許可文件而排放廢(污)水者，處新臺幣6萬元以上600萬元以下罰鍰，主管機關並應令事業全部停工或停業;必要時，應勒令歇業。
2. 依據水污染防治法第45條第2項規定，畜牧業未依排放許可證或簡易排放許可文件之登記事項運作者，處新臺幣6萬元以上600萬元以下罰鍰，並通知限期補正，屆期仍未補正者，按次處罰 ; 情節重大者，得令其停工或停業 ; 必要時，並得廢止其水污染防治許可證(文件)或勒令歇業。