畜牧場廢水處理系統中之厭氧單元是透過密閉厭氧醱酵的過程，可以有效分解廢水中高濃度有機質，使排放水較易符合排放標準外，也可減少異味逸散問題，而厭氧醱酵過程中產生之沼氣及及沼液沼渣等，前者可進行綠能應用，創造額外收益，後者則可作為農地肥分使用，創造資源化再利用效益。
效益1、有效分解有機質符合放流水標準。效益2、厭氧醱酵產沼氣進行綠能應用。效益3、厭氧醱酵產沼液沼渣作為農地肥分使用。效益4、密閉醱酵減少異味逸散。
一、水力停留時間
根據檢測申報管理辦法規定，申請資源化之畜牧場其厭氧設施停留時間需大於10日以上，其目的是為了達到良好的厭氧效能，於設計上需預留槽體餘裕空間，避免後續長期操作時，因污泥淤積於槽體，使水力停留時間不足，造成處理效能不佳的問題。
二、排泥系統設置
畜牧場為既設厭氧槽體，但大部分未設有定期排泥設施(備)，建議仍需定期以污泥泵浦進行人工清理或可搭配其他資源化再利用方式，避免污泥淤積造成處理厭氧設施容積不足進而導致停留時間不足影響處理效率等問題，以減輕後續廢水處理負荷。
圖1、畜牧場厭氧設施排泥系統
三、厭氧槽體沼氣袋
一般畜牧場較為常見的厭氧設施類型主要為握置式，如紅泥沼氣袋覆蓋或以RC蓋板覆蓋，其優點為設置成本低、操作簡易。
而有機物在厭氧環境中，透過微生物進行分解時會產生沼氣，通常為減少沼氣袋受沼氣壓力與天候影響，避免過度膨脹或是塌陷的情況發生，建議虛設置恆壓裝置控制厭氧槽覆皮內的沼氣壓力，並於紅泥膠皮內設置支撐架，以維持厭氧槽紅泥沼氣袋之形狀與功能。
圖2、畜牧場常見的紅泥沼氣袋
資料來源：工研院-中分院-農能技術發展部