經厭氧處理或曝氣處理後的畜牧廢水，可施灌於申請的施灌農地作為肥分來源，常見的施灌方式主要分為管線施灌、漫灌施灌及溝渠施灌，施灌時需搭配地下水灌溉，因畜牧廢水中含有微量重金屬銅、鋅，避免長期施灌導致施灌處累計過多重金屬含量，對農地造成傷害。
施灌時須注意天氣狀況，依據檢測申報管理辦法第70-6條第一項規定：自中央氣象局發布大雨、豪雨特報日起，至解除日後三日之期間應暫停沼液沼渣作為農地肥分使用，故施灌地近日如有豪大雨情形請應擇日進行施灌，避免造成環境危害及觸犯相關規定導致停灌！天氣預報可參考首頁相關資訊！
以下為實際參與資源化施灌之農民心得，使用經處理之畜牧廢水施灌可節省50%以上化肥量，平均產量提升約2成！
花蓮縣A農民
施灌作物：文旦
施灌內容物：沼液沼渣(厭氧發酵後)
使用心得：
1.化肥使用量減少約67%
2.文旦產量增加大約2成
新竹縣B農民
施灌作物：咖啡樹
施灌內容物：沼液(厭氧發酵後經曝氣處理)
使用心得：
1.全自然農法無化肥，化肥使用量減少100%
2.沼液含高氮量，咖啡樹生長較繁盛
屏東縣C農民
施灌作物：火龍果
施灌內容物：沼液(厭氧發酵後經曝氣處理)
使用心得：
1.化肥使用量減少約50%，每年節省3~4萬元
2.火龍果產量相對增加1~2成
資料來源：環境部