畜牧糞尿本質為高有機及含氮物質，經三段式處理系統處理後仍富含有機成分及氮、磷、鉀等植物可利用之養分，將這些可用的資源施灌農田，除可避免造成河川水體污染及解決衍生資源錯置問題。
88年「土壤處理標準」修訂畜牧業適用規範。91年「農業事業廢棄物再利用管理辦法」界定農業事業廢棄物再利用規範。104年11月「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」水污染防治措施及檢測申報管理辦法。105年10月「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」擴大適用對象及簡化檢測項目與增加管理彈性。106年1月「水污染防治費收費辦法」畜牧業開徵水污費。106年12月「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」明訂畜牧業應採行資源化處理措施之比率及期限。108年3月「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」簡化小規模畜牧業之申請程序及監測頻率，實施分級管理。
依據「水污染防治措施及檢測申報管理辦法第46-1條」規定，飼養豬隻20頭以上及牛隻40頭以上，須於法規年限完成資源化5%及10%比率。
畜牧廢水資源化比率應達成時間，若為106年12月29日後取得畜牧場登記證書之新設畜牧場，於設廠時須提資源化比率不得低於10%。豬隻頭數大於等於兩千或牛隻頭數大於等於五百之暨設大型畜牧場，於111年底資源化比率不能低於5%、於116年不得低於10%。豬隻頭數介於二十頭至兩千頭或牛隻頭數介於四十頭至五百頭之既設中小型畜牧場，於114年底資源化比率不得低於5%、於118年不得低於10%。註：資源化比率=(農業事業廢棄物個案再利用量+沼液沼渣肥分使用量+水資源回收澆灌植物量+其他經認定)/總廢水產生量；其中總廢水產生量係指許可文件或廢水管理計畫登記之原廢水產生量。另環境部有補助沼液沼渣肥分使用申請，詳情請洽各地方政府環保局。